EPR实施中的业务流程重组与ISO 9000的过程方法的理念是相似的，所开展活动的步骤也完全相同。所不同的是，BPR更强调“重组”和“再造”，ISO9000强调“识别”和“确定”。前者是按项目管理方法进行的突破性改进，由日常运作之外的跨职能的小组来实施，如；EPR实施顾问小组。由于这种改进的彻底性和全面性，所以改进完成之后有一个相对的稳定期；后者是由组织内人员对现有过程进行的持续改进活动，相对稳定的周期比较短，所以要求在识别和确定过程的顺序和相互作用时，要考虑形成必要的体系文件和记录，并确定过程的测量和监视方法，以把握改进的机会。 BPR和ISO9000过程方法的目的也是一致的，都是为了使过程增值。BPR通过对流程中的非增值环节进行清除、简化、整合、自动化来提高流程效率，使得流程更加合理与容易操作，这也是深化贯彻ISO9000标准的需要。在ISO90004中提出，管理者应当确保过程都以有效和高效的网络方式运作，还应当分析和优化过程(包括产品实现过程和支付过程)。如果在识别和确定过程时，不考虑使过程增值的因素，或过程职责不明确，控制准则不合理，则过程业绩和有效性是不完善的，很有可能是将原有的，落后的、不合理的操作和管理程序的简单描述或翻版。
BPR和ISO9000过程方法这二者根本区别在于对过程的改进程度不同，企业在实行BPR时，所涉及的影响面较大，要停止和中断原有流程，完全以新的流程代替之，操作人员对新的业务流程要重新熟悉，各方面投入的人力和物力也较大。而ISO9000采用PDCA渐进式改进，基本不需要停止和中断原有业务流程，仅对不合理之处作局部调整，操作人员也容易上手，也不需要投入很大的人力物力。
基于以上的分要析，在考虑ERP与ISO9004的结合时，识别在何种程度上采用BPR或过程方法是必要的。一般说来，对于ERP中产生静态数据(基础数据)的过程(或流程)，如：生产计划和控制过程，应该采用BPR的方法以确保数据的准确性和可靠性。另外，对于受人为因素影响较少、程序化程度高，主要由计算机来完成的活动，如文件管理，也可以采用这种方法。但对于一些难以程序化、主要由人来完成的活动，如内部审核、应采用过程方法来控制。对于一些部分由计算机执行、部分由人来完成且呈规律性变化的流程，在经过业务流程重组区分出由人和计算机执行的任务后，通过在ERP系统中建立可用户化的动态模型是适宜的。
对于一个企业的管理体系来说，BPR与过程方法是持续、互动地发挥着各自的作用。一方面，ISO9000标准要求对QMS及其过程进行持续改进，通过过程方法的PDCA循环反映企业质量活动运作的变化和改进。另一方面，对于通过ISO9000质量管理体系内审和监督审核所发现的不合理项，有些必须采用突破性改进的方法，也就是BPR来实施改进，以达到符合标准规定的要求。BPR需要重新设计现有流程，考虑岗位职责的合理设置、绩效考核指标的切实应用、管理制度的不断规范使其趋于合理化。用改进后的流程替代原有流程后，还应将改进后的目标流程与事先确定的绩效目标进行对照，评价是否达到既定的目标。这个过程也是一个PDCA循环，通过策划、实施、检查、改进、过程方法为企业BPR的持续改进给出了方向和手段，同时保证了目标业务流程的真正实现。
