a.两者的阶段性目标有所不同。
ERP是一种计算机管理信息系统，既体现管理思想，又离不开计算机的应用；ISO9000更多的是一种管理规范，很大程度上是为了规范人的随意性，使产品质量得以有效控制。ERP是为了提高管理效益和资源优化；ISO9000是为了稳定的质量全过程控制与持续不断的改进，提升产品的质量。
b.两者管理思想与理念有所不同。
ERP综合利用企业所有的资源，包括企业内部与外部资源，为企业谋求效益的最大化；ISO9000则是建立规范运作的质量管理体系，力求消灭各种可能造成产品质量不稳定的不利因素，从而使产品质量全过程处于受控状态。
c.两者的管理范围有所不同。
ERP覆盖了整个企业的，甚至整个供应链的所有业务；而ISO9000主要涉及与质量相关的过程和业务。
d.两者的实施方法与过程有所不同。
ERP虽然有项目实施的通用过程，主要通过应用程序对物流、价值流及工作流等过程进行管理控制，但却也存在非常灵活的实施个性，因企业类型、生产类型、资源配置、管理基础、业务流程、ERP软件等不同而有较大差别；ISO9000则通过大量的程序文件和定期的内审、认证、复审等几乎标准化的实施方法对过程进行管理控制并保证体系有效运行，个性相对较小。
e.控制过程的评价标准有所不同。
ERP评价过程是否有效注重的是实现企业用户需求及资源的合理利用，即企业成本是否最低；ISO9000评价过程的有效性主要看是否满足企业用户需求的产品的质量、交付和服务。
