ISO9000质量管理体系尽管改进了政府绩效，也展现了地方政府借助先进管理技术，改进效率的诚意和奋发向上的一面。但作为一种从企业管理移植过来的新模式，ISO9000质量管理并不能完全适应政府治理复杂的问题情境，在实践中遭遇着一系列观念、制度和可持续发展的障碍。
1.观念障碍。地方政府导入ISO9000质量管理体系，经常存在三种认知误区。一种是将全面质量管理神化，认为ISO9000质量管理代表着当前管理理论发展的最新趋势和潮流，导入后可一劳永逸。这使部分地方政府在取得质量管理体系认证后，便疏于管理，失去持续改进的动力。另一种误区是为“认证”而“认证”，将引入ISO9000作为政府实践创新“政绩工程”的一部分，并未真正树立“以质量为中心、以顾客为焦点”的管理服务理念；还有一种观点则认为政府管理与企业管理有本质区别，此标准体系与政府管理终有隔阂。特别是在部分地方政府还不能熟练地掌握ISO9000质量管理的精髓，只是将顾客、流程、不合格产品等专业术语照搬照抄地引入政府的改革实践时，反对声音尤甚。
2.与既有制度的冲突。史蒂文·科恩曾指出，牢不可破的机构惯例对于政府部门引入全面质量管理而言是一种重要的挑战。这种制度惯性的影响主要在两个方面：一是与官僚体制稳定特性的冲突。作为一种典型的官僚体制，政府希望通过明确职能分工以及严苛的层级节制来实现部门和个体责任的落实。但在组织结构科学化、法制化不断推进的过程中，政府体系也因此陷入“碎片化”、“鸽笼化”的管理困境。身处其中的部门和个体均被限定以具体的工作任务、技术和设施，他们大多专注自身责任的完成，而忽视整体责任的落实。“不求有功但求无过”，对促进政府革新的各种变革漠不关心，甚至持抵触态度。二是具体工作机制的冲突。在导入ISO9000质量管理体系之前，地方政府多已形成了一套自有的、稳定的运营模式。新模式的介入迫切需要二者的有效衔接和整合，但这种适应和整合并非易事。例如，长期以来，地方政府除了建立自己的绩效考核体系，还要接受组织部门对单位领导的考核。引入ISO9000质量管理体系后，这些考核体系能否并存以及如何并存就值得深思。
3.可操作性问题。从调研来看，地方政府ISO9000质量管理体系的整体设计大多较为顺畅、清晰，具备可操作性的基础，但依旧存在一些不尽合理的地方。首先，操作程序稍显复杂。ISO9000质量管理体系希望通过科学、精细、具体的管理文件，以及严格、准确的行政流程，将复杂的行政事务管理控制在每一环节、每一时段、每一具体责任人。但细致而庞杂的管理规则，容易增加员工理解和接受的难度。其次，质量测量标准难于确立。政府全面质量管理的核心在于量化的测量标准，但既有标准基本上是对企业管理的借鉴和移植。基于政府管理的特殊性，尤其是政府产品多具有中间产品的性质，以及难于确切划分责任主体、难以计量等特点，这套标准体系是否契合政府实践值得推敲。最后，质量测量方式的选择。例如，质量管理采取内审与外部认证相结合的方式。访谈发现，内审往往因内审员的自身素质及其部门内部的利害关系而出现偏差，外部认证则因组织机构内外信息的不对称而流于形式。
4.可持续问题。制度体系的可持续性取决于动力机制和相关配套政策措施的健全程度。就动力机制而言，它包括领导承诺、员工认同等。从调研来看，地方党政领导对ISO9000质量管理体系整体上持支持态度。但由于职位、管理职责等的差异，不同层级的领导在认可程度方面又略有差别。中层及以下领导干部是质量管理体系的执行者，负责具体工作的落实，同时还承受着作为评估对象的压力，不乏反对的声音。就配套制度而言，不少政府部门为此专门建立了相应的组织机构、信息系统和学习系统。但ISO9000质量管理涉及对政府流程、思维和工作方式的全面变革，因此这些配套制度很难迅速加以完善。
