第一，组织目标的差异性。TQM与iso9000目标具体、明确而清晰，“满足顾客和其他相关方的需求和期望，以获得竞争优势，并有效和高效地实现最大的经济效益”。工业企业产品是静态的、无生命的，质量标准清晰而且易量化，可以用统一的标准和规格去量度。而高等教育组织目标比较宏观不易量度，如培养人才的目标是“培养德、智、体、美等方面全面发展的社会主义事业的建设者和接班人”，追求质量目标是使“学生的能力、知识、理解力和个人发展不断地得到提高”。另外，教师的科研成果和为社会提供的服务，如培训、咨询、科技产品的转让等，这些都是比较难以量化的。还有，高等教育活动是动态的，它活动的主导成员是教师——以知识为加工材料或脑力为劳动的知识群体，以科研成果为衡量学术水平的高低；主体成员是学生，是一群具备中等以上教育的、身心得到发展的、充满活力的青年，他们是一个个具有独立个性的个体，因此不可能如同工业产品那样制定完全统一的规格和标准去量度。
第二，评价的内容和结果的差异性。高校教学管理评价的内容是以教与学为其主要内容，如评价中涉及的师德，教育方针的贯彻，教学计划和教学大纲的实施，教学手段与方法的运用，在授课中教学艺术表现，师生教与学的双向活动等，都与 iso9000有明显的区别。
第三，管理内容的差异性。高校管理的对象是以人为主体，最终输出的“合格产品”是学生，这势必要求管理者必须了解高校管理，具有一定的教育学、心理学、教育管理学的知识，并且具备教育教学和管理工作经验，能够按学校的实际情况把 iso9000的语言转化为学校的教育化语言。因为高校管理的对象是有思维会思考的具有独立思想的个人，因此管理起来有时无法用统一的标准。而TQM与iso9000的管理除了对职工进行严格上岗培训、按统一操作规程工作外，其他的程序和管理要简单得多。
