首先iso9000的核心是向顾客承诺其产品的质量和可信度，但iso9000运用于高校只是对高等教育服务过程的监控，不可能对培养的高质量人才的做出根本保证和承诺，毕竟培养的高质量人才所含的 主观因素较多。
第二，我国高校管理尚缺乏运用国际标准构建管理体系的经验。目前，在国内建立iso9000质量管理体系和通过认证的学校多为职业学校、私立学校 和一些中小幼学校，虽然有一些通过认证的普通高校如青岛海运学院、大连海事大学和上海海事大学，但均是根据国际海事组织惯例和我国交通部的要求而开展的，主要还是外力推动的结果。因此主动运用iso9000建立管理体系的高校并不多，缺乏管理者推动是其主要原因。
第三，咨询公司管理不健全，咨询人员素质欠缺。一些咨询公司往往为争夺市场和经济利益，做出超实际的承诺。咨询师大多从企业出来，没有从事教育教学和教学管理经验，缺乏基本的教育学、心理学和教学管理知识，拿企业文件模版来套学校的管理， 不能将iso9000要素转化为学校语言，从而影响高校管理体系质量和建立管理体系的效率。
第四，我国高校的教学质量管理未达到全面质量管理阶段，实施有一定的困难。质量管理发展经历 了三个阶段：第一阶段为检验抽样阶段；第二阶段为数据计算与控制阶段；第三阶段才到全面质量管理阶段。我国不少高校尚处于质量管理的第一或第二 阶段。iso9000要求建立和实施质量体系时要使用适当的统计工具，要基于事实和数据说话，要用统计技术对缺陷、不合格项和质量事故进行诊断分析、预防 和控制，因此高校管理要普遍推广和使用统计技术，才能提高管理效率和进入全面质量管理要求。
第五，实施标准过程非常复杂、烦琐。标准对体系的文件化要求严格，对质量记录的要求严格，高校在建立教学质量体系之初经常会感到不适应。如果宣传工作不到位，会产生一些负面影响。此外进行质量体系认证不仅要消耗人力，且需要花费相当的财力和物力。
