ISO9000族标准作为一套管理工具，旨在帮组和鼓励组织以顾客的要求为关注焦点，理解和掌握顾客的需要与期望，并对产品实现的全过程系统地实施控制，通过测量和分析、持续地改进，使组织能够持续提供使顾客满意的产品。从管理角度说是有效的，或者说这一质量体系符合了ISO9000这一国际标准。但是，在高等教育领域，顾客的概念很是难以定义。从高校作为服务机构考虑，其服务的对象是整个社会和公众乃至全人类。高校的直接顾客政府、学生和大学毕业生的雇主不一定能够很好地判断社会的长远利益，甚至难以判断他们自身的利益。因此，对于高校管理者来说，如何识别顾客的要求，理解和掌握顾客的需要与期望比较困难。
其次，虽然企业的目标指向清晰，那就是通过产品获取利润，但是现代企业管理越来越强调过程管理，这是由于在企业运营中，对各个环节的保证能够导向良好的结果。但是在高校中却不尽如此。高校教学及其管理活动是一种以人为对象的活动，具有不可预测性。首先，对于教学活动来说，教学实际上是教师的教和学生的学一个相互的过程。因此，整个教学的过程都是不可控制的。其次，从另外一个角度来讲，高等教育的结果是有延迟性的，也就是说，其结果并非在过程结束之后立即显现出来，这也使得过程管理变得不确定。
高等学校的管理活动，仅仅注重过程管理是不够的。同样的过程可以导致不同的结果，而同样的结果可以由不同的过程导致。比如学生的发展，学生通过大学学习生活，同样完成了培养目标，但是他们大学生活却可以是完全不同的。这就要求学校在关注结果——培养目标完成的基础上，给予学生自由发展的空间。因此，ISO9000思想应用高校院系时，需将目标管理的理念贯穿于过程导向的理念中，在目标达成的基础上，允许不同发展过程并存。
因此，学院不能简单套用或模仿ISO9000族标准来建立教育质量管理体系。既要吸收企业和国内外教育领域推行ISO9000系列标准的成功经验，又要有所创新。同时要尊重教育规律、管理规律和院校自身实际，形成具有高等院校自身特色的教育质量管理体系。高校只有完整、准确地理解ISO9000管理思想方法，才有可能在学校提高人才培养质量实践中发挥作用。
