清洁生产和ISO14000环境管理体系标准最大的相同点是与环境紧密相关，与环境保护紧密相连，由于应对日益严重的环境问题而产生、发展。清洁生产和ISO14000环境管理体系标准都是源于地球环境出现了一系列人为的严重问题，损害了人们的身体健康，威胁到人类的生存，制约了经济的可持续发展。
在环境污染不断加剧、污染事故不断发生，乃至大规模复杂的全球环境问题面前，废物的末端治理在实践中愈来愈显现出它不能有效保护环境的缺陷：从环境污染防治政策体系的整体设计和技术对策的实施上看，其着眼点侧重于污染产生后的治理，使一个综合的污染产生、控制、排放系统人为地割裂开来，因而呈现出生产发展与环境保护相互分离脱节、环境污染治不胜治的明显弊端。在单纯追求经济利益的驱动下，忽视、放弃污染治理，抛弃企业的社会责任。
末端治理作为传统生产过程的延长，第一个弊端是不仅需要投入昂贵的土建费用和设备费用、惊人的维护开支和最终处理费用，且本身还要消耗大量资源、能源；第二个弊端是治理技术开发难度大。末端治理的对象是废水、废气、废渣，是生产过程中未消耗掉的原料、副产品及中间产品，与产品相比，虽然数量不大，但种类繁多，大多数属于毒性较大的危险化学品，不乏致癌物、致畸物；第三个弊端是末端治理成本高；第四个弊端是在很多情况下会产生二次污染。污染物在不同介质间的空间和时间上的相互转移，难以从根本上消除污染，仍然会继续对人类和环境产生影响。
对传统基于“末端治理”的环境污染控制模式实践的反思，直接导致并促进清洁生产理论的形成及其大规模的实践。日益严重的环境污染迫使北美和欧洲的一些公司开始考虑用科学的方法来管理企业的环境风险和降低生产成本。这些公司自发引入一套方法用于控制本公司的环境污染和监测公司的环境行为，其首要目标是确保公司遵守有关的环境法律法规，后来，范围扩大到了对公司最佳环境管理实践的总结，这为后来环境管理的标准化工作打下了实践基础。在北美、欧洲等一些工业高度发达的国家，一些公司由于不符合环境安全法规而被告上法庭，并为之付出了高昂的代价，其中包括一些国际知名的公司，因此，很多大公司都建立了自身的环境审核制度。20世纪80年代后期，面对环境问题的压力，一些具有远见卓识的企业家审时度势，开始意识到环境问题必然影响到社会经济生活的各个方面，成为日益激烈的市场竞争的重要因素之一。因此，一些世界知名的公司开始在企业内部建立环境管理体系、规章和制度。环境管理体系的目的是使环境管理能充分地融入到企业的整个管理活动中，又能加强环境行为的各个方面。环境管理体系的理论为企业提供了一种结构化系统化的方法，将环境保护与企业经营各方面联系起来。它的作用不仅在于使企业符合法律法规的要求，使成本和环境责任风险最小化，且持续地改善企业的环境行为，改进企业形象以增加竞争力。为了避免因各个国家、经济组织、集团公司单独制定各自的环境管理体系标准而产生新的贸易壁垒，很有必要制定一个全球统一的包括环境标志、产品生命周期评价在内的环境管理体系。这个重任自然而然地落到世界上最大的非政府性国际标准机构——国际标准化组织的肩上。
清洁生产和ISO14000环境管理体系标准都需要最高领导层的承诺和全力支持，他们对环境责任的正确理解和认识是实施清洁生产和环境管理体系的基础。两者需要一个专门知识的工作小组来协调和监督实施。在清洁生产审核的预审核阶段和审核阶段提出的底费、无费方案的实施，几乎全靠管理来实现，这与环境管理体系认证是相同的。在起始阶段，清洁生产和ISO14000环境管理体系标准可由同一个工作小组作为起始阶段的技术指导和协调组织机构。
