目前我国通过ISO9001认证的企业远远多于已实施ERP的企业。因此，在ISO9001基础上实施ERP项目的情况居多。在这种方式下，企业对八项质量管理原则、过程方法、PDCA循环等管理理念有了深入的认识和体会，也形成了对各项业务流程的有效控制机制，这正为实施ERP提供了思想意识基础和约束控制手段。因此，应该在实施ERP的前期借助ISO9001质量管理体系认证已有的培训和实践，使ERP的各个工作流程和数据形成ISO9001的程序文件、作业指导书或记录的一部分。随着业务流程重组的展开和软件的二次开发，再将企业ISO9001质量管理体系中可以由计算机完成的过程和活动嫁接到ERP系统中，并将ERP各个模块的报表输出格式统一为ISO9001要求的质量记录。
对于同时实施两个系统并希望通过ISO9001质量管理体系认证的企业来说，可以在培训阶段将ISO9001知识和ERP基本原理培训相结合，重点导入八项质量管理原则的理念，以ISO9001标准的要求为主线，阐明质量管理体系的过程和记录在ERP中实现和形成的原理。在业务流程重组阶段，结合ISO9001的过程方法，从考虑过程增值的角度，确定各个过程的输入、输出、控制准则和所需资源、文件、记录，然后分别规划人和计算机要完成的活动。对于可由计算机完成的活动，可以将ERP功能模块逐个“ISO化”，通过二次开发对ERP中的标准化工作流程进行完善和深化；对于由人来完成的活动，可按质量管理体系的建立方法和步骤来执行。
在考虑ISO9001与ERP的结合时，对于ERP中产生静态数据(基础数据)的过程(或流程)，如生产计划和控制过程，应该采用业务流程重组的方法以确保数据的准确性和可靠性。对于受人为因素影响较少、程序化程度高、主要由计算机来完成的活动，如文件管理，也可以采用这种方法。但对于一些难以程序化、主要由人来完成的活动，如内部审核，应采用过程方法来控制。对于部分由计算机执行、部分由人来完成且呈规律性变化的流程，在经过业务流程重组区分由人和计算机执行的任务后，应通过在ERP系统中建立可用户化的动态模型来解决。
由于企业考虑ISO9001与ERP结合时以ISO9001为主线，对ERP模块进行“ISO化”，因此，如果企业对ISO9001的某些要求进行了合理删减，比如，对设计和开发（7.3）进行了删减，那么，策划ERP系统时也不需要考虑这类功能模块。
