不符合项性质分类的原则是依据不符合项情节的严重程度以及不纠正可能造成的后果，不符合性是系统性、全局性的过失还是个别的或局部的问题。一般分成两类：
1)严重不符合项
体系运行出现系统性的失效。如某一要素的要求，在多个关键过程重复出现失效的现象。例如，在多个部门或多个活动现场上均发现有不同版本的文件同时使用，这说明文件管理失控，而且在体系实施过程中也未加以纠正。
体系运行出现区域性失效，如果一部门或活动现场，有程序文件或作业指导书，但运行过程未按规定要求实施，以致于多次出现安全生产事故，而未能加以纠正。
体系运行是按规定要求实施，但仍多次出现安全生产事故，未查明原因，也未采取有效的措施。
2)轻微不符合项
审核中的发现对满足职业健康安全管理体系要素、体系文件要求或体系实施有效性而言，是个别的、偶然的、孤立的问题。如缺少一次培训记录等。
对保证所审核区域的体系有效实施是次要的问题。
第三方审核(外部审核)对审核发现中的问题，其不符合性质的判断，对审核结论有重要的影响，关系到受审核方能否通过职业健康安全管理体系认证有决定性作用，因此，当审核员在审核过程中发现了不符合项不要急于表态、下结论，要慎重，而且，要进一步查证，取得真实，可靠的证据。对涉及到严重不符合项尚需征得审核组长或审核组其他成员的看法。
