很多企业在内部审核工作中，往往存在以下问题，而导致对内审起不到应有的作业。
1.审核员综合能力不够，虽然企业的内审员都经过相应管理体系知识和审核技能的培训，对企业内部情况比较了解。但由于内审员在文化水平、专业背景、具体岗位、性格情绪、责任心等方面存在差异，以及对管理体系知识的掌握、沟通技能方面存在差异，因此在审核中会存在专业知识不足、审核覆盖面不够广、检查点代表性不够强、证据认知有差异、沟通技能欠缺等方面的问题，容易导致审核结果与实际状况存在偏差，或者导致审核员与受审核方产生矛盾。
2.审核受到内部干扰，由于内审员来自于企业各部门，一般以部门专责、班组长为骨干，个别内部审核员来自基层生产班组，在开展审核工作时，难免受到外部干扰。有的内部审核员面对平时作为管理者的受审核方，甚至是自己的上级，如班长审核部门经理，存在为难情绪甚至畏惧心理，不能按相关管理文件要求进行严格审核；有的内部审核员面对不同意见，不敢坚持自己的看法，也不能坚持原则。
