交叉污染，是指在食品的生产加工、贮存或运输和销售过程中，原辅料、中间产品、待包装产品、成品中的生物的、化学的污染物或异物通过加工产品、食品加工者、食品加工环境或工具把转移到后工序产品的过程，因此在食品加工过程中要控制交叉污染是非常重要的，首先在工程选址上应，进行风险防范，避免周围环境的影响，远离污染源，在厂房建设和布局时应考虑风向的影响，锅炉房等潜在污染源应位于下风向，保持整洁的生产环境，对车间废水排放应直接排入水沟中，不能造成地面积水。其次在车间的功能设计上应做到工艺布局合理，功能区内外没有污染源，各生产环节按制作程序进行,不得使后工序的产品返回前工序,以防止待加工食品（原料、半成品）污染成品，还应注意人流、物流、水流和气流的走向，要从高清洁区到低清洁区，要求人走门、物走传递口，在车间设计上还应做到物理隔离，
加工工序或生熟之间完全隔离，原料、辅料、成品分开存放，清洗消毒间和加工间分开。
第三对生产过程中要严格管理，包括厂区、车间的卫生管理、产品加工工序的管理，生产和清洁的管理。第四，对加工过程的废弃物应合理存放，及时的处理，并定期消毒，防止污染。
