目前，各地税务机关纷纷将ISO9001标准，引入到税收征收管理工作中。贯彻ISO9001标准，要着重处理好五个关系。
一、处理好ISO9001标准与工作目标考核的关系
工作目标考核是根据税务系统的工作重点，按照国家税务总局提出的“依法治税、从严治队、科技加管理”的要求，结合本单位实际，将本年度的主要工作分解为各项考核指标，实行指标层层分解，以全面完成各项工作任务的过程。
ISO9001标准中的“质量方针”与“质量目标”，反映了工作目标考核方面的要求。它与税务系统工作目标考核并不矛盾。工作目标考核的内容，为ISO9001标准的“质量目标”提供了依据，而ISO9001标准的贯彻执行，能够从制度上保证工作目标的实现。工作目标的变动，会引起质量目标的变动，而ISO9001标准“持续改进”的思想，可通过质量目标的调整，更好地为完成新的工作目标服务。
二、处理好ISO9001标准与CTAIS的关系
CTAIS体现了税收征管信息集中管理思想。CTAIS软件将税务登记、发票管理、待批文书、证件管理、资料管理、信息采集、申报征收、稽核评税、税收计划、税收会计、税收统计、票证管理、稽查管理、税收法制、税务执行、行政复议、应诉、行政赔偿等征管业务信息融为一体，大大提高了税收信息的综合利用程度。CTAIS具有强大的数据分析功能，通过量化的分析，得出定性或定量的结果，从而为分析纳税人履行纳税义务情况，以及考核本级及下级税务机关的税收征管质量情况，提供了依据。CTAIS将各项业务环环相扣，形成了全面有效的监控体系，实现了整体监控。
ISO9001标准侧重于制度整合，有利于实现税收征管系统化、规范化和制度化。推行ISO9001标准，定期开展内审，对管理体系覆盖范围内的工作进行全面的审核，对不符合文件规定的工作和做法，开具不合格报告，并确定和落实纠正措施。另外，认证机构每年也进行一次符合性监督审核，若不能通过审核，将被吊销证书。这种CTAIS与ISO9001标准相结合机制，可以促进税务机关的制度化管理。
三、处理好ISO9001标准与“两权监督”的关系
ISO9001标准通过制订“税收执法权和行政管理权监督制约检查考核作业指导书”，明确了“两权监督”制约的适用范围、工作职责、工作流程、工作步骤和质量目标，使“两权监督”制约制度成为税务系统制度化管理的一项重要内容。同时，ISO9001标准将“两权监督”内容纳入内审和管理评审的内容，促进了“两权监督”检查考核工作的规范化和制度化。
四、处理好ISO9001标准与税收执法责任制的关系
ISO9001标准，通过编制每个岗位的“职位说明书”，明确岗位职责、工作质量要求、任职条件。对于行政执法岗位，明确执法责任。这与行政执法责任制的要求是一致的。ISO9001标准通过定期内审和管理评审，不断发现“不合格品”，对行政执法过程中不符合规定的做法，限期纠正或改进。ISO9001标准的自我纠错机制与“持续改进”思想，又与过错责任追究制度一脉相承。过错追究不是目的，而是为了纠错，为了改进。ISO9001标准对开展税务行政执法责任制、过错追究制起到了促进作用。
五、处理好ISO9001标准与全程服务的关系
ISO9001标准中的“顾客”和“产品”概念，以及“以顾客为关注焦点”的思想，与“全程服务”如出一辙。ISO9001标准中的“顾客”，在税务机关主要指包括扣缴义务在内的广义纳税人；“产品”是指在职能范围内的所有税务工作及相关服务。税务机关必须以纳税人为关注焦点，在依法治税的前提下，努力识别并满足纳税人当前和未来的需求和期望，实现纳税人的最大满意。而“全程服务”作为一种服务方式，为税务机关更好地满足纳税人的要求提供了一个平台，是当前税务机关适应WTO要求、简化办税手续、方便纳税人的一种较好的服务方式，因此两者应该很好地结合起来。
