食品安全性至关重要，目前对食品安全性的保证和对质量的控制仍然存在某些缺陷，HACCP原理推广应用是一个长期而艰巨的任务。HACCP的应用当前还存在一些问题，尤其是利用HACCP自动控制软件进行管理，起步晚、应用少，但这是今后的发展方向和研究方向，在实际工作中应引起注意。
⑴对HACCP体系的研究起步晚，具体操作经验少，存在问题多，应加强基础研究工作。
⑵食品法规不健全且执法力度不够，应加强立法工作，完善规章制度。
⑶管理不全面，只重视生产过程中的应用，对原料的生产和产品的分配流通抓得少，应进行食物的全线控制，保证消费者食用安全的食品。
⑷保证食品安全时，要严格把好质量关，二者兼顾。
⑸工厂化生产对产品安全和质量管理严格，个体食品、街头食品管理松散，不注意食品卫生，这方面的管理有待加强。
⑹在具体执行过程中有盲目性，尤其是对关键控制点的确定，要根据实际情况指定相应的HACCP计划。
⑺对HACCP管理情况的监督要严格，生产单位内部，监控应由质检部门完成，避免车间走过场的行为。政府也该有专门的监督部门监控生产厂家的执行情况。
针对工业上应用HACCP管理系统存在的问题，在实际应用中，要周全考虑各方面的因素确体发挥该系统的优点，给消费者提供高品质和安全的食品。
