HACCP系统的内容包括两个部分，即危害分析(HA)及关键控制环节(CCP)。危害分析主要是对与食物原料、加工、运输、贮存、销售及食用方式有关的实际和潜在的危害进行分析判定，对危害的严重性进行评估，并准确地预测其危险性。之后要做的就是CCP的内容，这部分又包括了很多具体的工作，如确定关键控制点的控制标准和程序，确定改正措施和HACCP运行评价程序以及有效的记录保留系统等。
一、危害分析(HA)
进行危害分析的目的是：(1)对每一个具有不同操作方法和控制要求的生产过程作出评价；(2)为确定对保证食品安全具有重要意义的操作步骤提供依据；(3)促使重新进行产品配方调整或中止加工过程以及确保食品卫生的控制措施。
在任何食品的加工操作过程中都不可避免地存在一些具体危害，这些危害与所用的原料、操作方法、贮存及经营有关。即使生产同类产品的企业，由于原料、配方、工艺设备、加工方法、加工周期和贮存条件以及操作人员的生产经验、知识水平和工作态度等不同，各企业在生产加工过程中存在的危害也是不同的。因此，必须对现有产品和即将生产的产品都要进行危害分析。当原料、产品配方、加工程序、包装、销售、产品的食用方法有改变时，也应对原来的危害分析重新审查。在对产品进行危害分析时，首先必须提供有关产品生产的各种资料，然后分别从原料、周围环境、生产设备、机械、生产工艺等进行逐个的分析，分别列出存在的潜在性的危害因素。
危害因素一般包括：(1)产品是否包含微生物的敏感成分；(2)加工中是否有有效灭活微生物的处理步骤；(3)是否存在加工后微生物及其毒素污染的危险；(4)是否有在批发和消费过程中由于不卫生的习惯而造成危害的可能性；(5)是否在包装后或消费者食用前不进行最后的加热处理。根据危害因素可对食品进行危害分析。
在危害性分析中最基本的着眼点是微生物的消长动态及与微生物有关的客观条件。从一般危害特性可按食品的原料、加工和流通(储、运、销)过程三个方面进行分析，如存在危害因素，不存在危害因素：
(1)在原料中有无容易腐败变质成分的。
(2)在加工中有无可靠的杀灭有害微生物的过程。
(3)在贮存、运输、销售及最终食用等流通过程中，有无微生物繁殖和污染的可能性。
食品危害分析分类：
1.特殊人群如供婴幼儿，老年人，体弱或免疫损伤人食用的食品
2.三个环节均存在危害因素的食品
3.二个环节存在危害因素的食品
4.一个环节存在危害因素的食品
5.三个环节均不存在危害因素的食品
第二类是危险性最大的食品，必须重点加强监督管理；第三类食品的危险性比第四类食品要大些，而第五类是危险性最小的食品。
