危害分析是对于某一产品或某一加工过程，分析实际上存在哪些危害，是否是显著危害，同时制定出相应的预防措施，最后确定是否是关键控制点。显著危害是指那些可能发生或一旦发生就会造成消费者不可接受的健康风险的危害。HACCP只把重点放到那些显著危害上，没有这一点，试图控制太多，就会导致看不到真正的危害。
“危害分析与预防控制措施”是HACCP七个原理的基础。其余几个原理都是针对分析出的显著危害进行制定和控制的。在危害分析期间，要把对安全的关注同对质量的关注分开。
危害分析是一个反复的过程，需要HACCP小组（必要时请外部专家）广泛参与，以确保食品中所有潜在的危害都被识别以便实施控制。在危害分析期间， HACCP小组通过自由讨论和危害评估，根据各种危害发生的可能性和严重性来确定一种危害的潜在显著性。通常根据工作经验、流行病的数据及技术资料的信息来评估其发生的可能性；严重性就是危害的严重程度。对危害的严重性，可能有不同的意见，甚至于各专家间也会有不同意见。HACCP小组可以依据现有的指导性材料并吸取那些协助改进HACCP小组方案的专家们的意见来确定。
危害分析是针对特定产品的特定过程进行的，因为不同的产品或同一产品加工过程不同，其危害分析都会有所不同。因此，当产品或加工过程发生变化时，都必须重新进行危害分析。这种变化可能包括、但不限于：
因为原料或原料来源；
产品配方；
加工方法或系统；
产量；
包装；
成品流通系统；或
成品的预期使用或消费的变化。
危害分析必须考虑所有的显著危害。从原料的接收到成品的包装贮运整个加工过程的每一步都要考虑到。为了保持分析时的清晰明了，利用危害分析表来组织分析过程，将会有很大帮助。
