审核员根据审核组共同评价的结果，针对不符合审核准则的审核发现编写不符合报告。在现场审核活动结束前，审核组通常会以不符合报告的形式将所确定的不符合项提交给受审核部门的代表进行确认。一方面是确认不符合事实（即支持不符合项的审核证据）的准确性，另一方面可以使有关人员理解不符合所反映的问题以及有关审核准则的要求，促进采取纠正措施来解决和消除不符合的原因。这种方法体现了审核的公正、透明和规范，也考验了审核员的工作质量，只要不符合事实中有任何虚假失实之处，受审核部门及有关人员都有理由拒绝签字确认，这有助于提高审核员的素质，养成一丝不苟的科学态度和工作作风。
如果由于受审核部门或人员的误解或不理解而不确认不符合事实时，审核组应耐心地做出解释，说明需要受审核方确认的只是不符合事实，需要时，审核组应向对提供或展示有关的审核证据，以证实审核组提出的不符合项是建立在充分的证据基础上的。如果受审核部门提出了补充证据，证明审核组提出的不符合事实有误或证据不准确时，审核组应进行必要的补充调查核实，如经核实确属不符合事实有误或不准确，审核组应勇于修正错误，修改不符合事实的内容或撤销该不符合项；同时，审核组也应查明补充证据为什么没有在现场审核时提供的原因。
如果对于某一有分歧的不符合项，经过审核组和受审核方的沟通还是不能得到解决，审核组应记录未解决的分歧，必要时应向管理者代表或最高管理者说明有关情况，请其进行仲裁。
