1.目标不尽相同
ISO9000认证是一个官方的认证认可体系，ISO9001是一个合格评定的标准。ISO9000强调文件化和规范化，强调质量系统的符合性和有效性。而精益六西格玛则是企业自行质量改进的工具和方法，强调改进的效果。企业推行六西格玛是一种自发的行为，是自发的追求卓越的行为，是一个循序渐进的过程。精益六西格玛的应用是没有终点的，而ISO是一种更接近及格的评价，还会有复审。
2.侧重点不同
企业推行ISO9000标准的目的在于建立一个符合国际标准的质量管理体系，以证实对产品质量的保证能力，从而提高企业的可信度和顾客的满意度。质量管理体系虽然也有质量改进的要求，但是侧重点还是对质量保证的要求。而精益六西格玛本身就是一种质量改进的工具和方法，或者说是一种质量改进的哲学。特别强调质量改进而非质量保证和质量控制。
3.改进的着眼点不同
ISO9000改进的对象包括产品、过程和质量管理体系。ISO9000着眼于全局，力求建立一个规范化的质量管理体系，强调建立一种持续改进的机制。如采用审核、管理评审和自我评价的方式来评价质量管理体系，寻求质量改进的机会。而精益六西格玛则着眼于局部，用项目管理的方法来实施质量改进，更强调具体的统计技术的应用。
4.改进的方法不同
六西格玛是用项目的方法来改进，一步一步的；ISO9000是整体的，改善顾客的满意度，但如何改，没有很严格的要求。虽然ISO9000也强调统计技术的应用，但并未象六西格玛一样指明各种方法应用与质量改进的那一个过程及如何应用这些方法。精益六西格玛法应用了大量的统计技法，通过对指标进行量化和分析，来验证你所做出的判断，从而避免解决问题时的凭经验、凭直觉，或者想当然。
5.对质量的经济性关注程度不同
ISO9000不太关注质量的经济性，如ISO9000并未要求审核财务部门就是一个例证。而精益六西格玛非常关注质量的经济性。以经济效益为主要考核指标，如用COPQ等指标来衡量改进的经济效果。
6.对员工的认识不同
ISO9000强调全员参与，而精益六西格玛更强调项目团队的作用。通常组织的六西格玛管理是由执行领导、倡导者、黑带大师、黑带、绿带和项目团队传递并实施的。强调对六西格玛组织的强有力的持续不断的培训。
7.对流程的认识不同
如今，通过ISO9000认证的大多数公司组织部门是基于职能或“区域”观点：部门和个人的职责范围狭小。组织内部积极实施的变革局限于某些特定的部门，没有在全组织实现优化。相反，采用流程观点的组织会分派精益六西格玛人员绘制现今跨部门、跨职能界限的流程图。这样，有助于界定清楚问题的界面，允许精益六西格玛人员提出跨部门的解决方案。
