企业通过ISO认证后，每年认证公司都会对通过认证的企业实施ISO9001监督审核，以检查企业的ISO9001质量管理体系是否符合标准，是否实施有效。
认证机构对企业进行监督审核跟初次审核是有一定的区别的，初次审核是完整体系的审核，是按照ISO9001标准的全部条款审核，而监督审核是对ISO9001标准进行抽样审核，随着国家认监委对认证的监督越来越严格，监督审核的抽查的条款也越来越多。
目前认证机构一般监督审核审核的必查的部门有总经理、管带，涉及条款有1.2范围、4.2.1文件要求、4.2.2质量手册、5.1管理承诺、5.2以顾客为关注焦点、5.35.4质量方针目标、5.6管理评审、8.2内审、8.5改进。
行政人事部，涉及条款：5.5.1.5.4.1职责、目标，4.2.3文件控制要求，4.2.4记录控制要求。
销售部，涉及8.2.1顾客满意度调查统计分析。
生产部涉及条款：7.5.1生产和服务提供的控制，7.5.2生产和服务提供过程的确认，技术部涉及雕刻7.3设计开发。
质检部设计条款7.6监视测量设备的控制、8.2.4产品的监视和测量、8.3不合格品的控制8.4数据分析。
总体来说监督审核主要审核的部门有生产部，设计部，质检部。这三个部门的资料需准备齐全。
