ISO14001环境管理体系实施运行包括以下几个方面 (1)确定组织机构，明确职责分工，提供必要的资源。成功地建立
ISO14001环境管理体系的关键之一是从高层到基层员工都积极参与并承担相应的责任。让所有人明确他们对环境方针和目标能作什么贡献、应担负什么环境职责以及享有什么样的权限是非常重要的。别外，管理层应为环境管理体系提供必要的物力、财力与人力资源。
(2)提供必要的培训。培训是手段，目的是提高全体员工的环境意识，达到担任环境管理工作需要的能力。培训工作是否充分有效，是体系建立和保持的一个非常重要的因素。
(3)建立畅通的内部与外部信息沟通途径。信息沟通，一方面是把组织内部的活动统一起来；另一方面是使组织与其外部环境相协调一致。对重要的环境因素，同时需要决定是否需要与外部进行交流。
(4)建立文件化的管理体系，并采取必要的文件控制措施。文件化是环境管理体系的特点之一，文件化的体系有助于维持组织长期一致性与连续性，同时也是进行体系审核和评审时的依据。
(5)对关键活动进行控制。要保证环境方针和目标指标的实现，组织应当对与所确定的重要环境因素相关的运行与活动建立文件化的程序，避免非程序化的操作或活动造成重要环境因素失控，产生非预期的不良环境影响。
(6)建立紧急准备与反应程序。
ISO14001环境管理体系特别要求专门的程序以确定潜在的事故和紧急的情况，一是预防事故的发生，二是如果事故发生了，能够及时、有效地采取控制措施，使环境所受的影响达到最小。
