企业的产品性质和原有的环境管理水平不同，在环境管理体系建立初期总存在不同方面的缺陷，其中有惊人的共性。不符合项往往集中在几个关键要素之中:主要分布于“环境因素”、“运行控制”、“法律与其它要求”、“培训、观念与能力”、“监视与测量”、“应急准备和响应”这六个要素。
一、环境因素
环境因素特别是重要环境因素是企业构筑环境管理体系的源头和基础，体系的其它管理要素都是围绕环境因素而开展管理活动的，也是环境管理体系审核中重点审核的要素之一。企业在识别其活动、产品或服务中环境因素的充分性和有效性方面难免会出现遗漏。
l、未充分识别环境因素的产生源头
企业往往能完全识别出其生产活动中的环境因素，却对产品中的环境影响和服务过程中的环境因素调查评价不足。企业在识别产品中的环境因素时应充分评价产品的特点，产品的能源消耗，原材料消耗，工作效率，产品报废后的再生利用和可分解性等因素。应注意产品在使用过程中也存在着不同程度的环境影响，例如:
-洗衣机、空调、冰箱都存在能耗、噪声、效率等方面与环境有关的因素;
-电视机和显示器存在能耗和辐射等因素;
-蓄电池存在酸液泄漏的环境因素;
-空气压缩机存在噪声和效率的问题等；
同时企业往往会遗漏识别服务过程中可标识的重要环境因素，以下服务过程中都存在重要环境因素，例如:
-汽车运输服务
-建筑施工服务
-有害废弃物处理方面的服务
-企业外协加工服务
2、未全面识别异常、紧急状态的环境因素
标准中所述的对环境具有重大影响或可能具有重大影响的环境因素，一般可理解为:"正常、异常、紧急三种状态和过去、现在、将来三种时态的环境因素。部分企业对异常和紧急状态下的环境因素的识别往往不够充分，有的企业仅列出了火灾、化学品泄漏方面的环境因素，其实在一个生产型企业中存在的异常或紧急状态是很多的:例如:
-压力容器的爆裂
-环保处理设施失灵造成的环保事故
-生产设施事故造成的环境隐患
-易燃化学品、油品的火灾隐患
-易爆化学品的爆炸隐患
-有毒有害化学品的泄漏等
3、未充分识别能源、资源、废弃物、有毒有害化学品方面的环境因素
企业往往忽略了生产过程中消耗的能源，资源，原材料，生产过程中产生的各种不同的废弃物，以及有毒有害化学品的运输，储存，使用和处置过程中的环境污染。审核中常见的不符合有:
-未全面具体地识别各种废弃物例如: 笼统地描述生产过程中排放的污水超标，未具体指明污水中主要的污染物。或未对废弃物的种类和性质进行分析，将可生物分解的一般废弃物和难降解的危险废弃物混为一体。
-未全面评价产品的原材料消耗量和设备的能资源消耗水平
-未明确企业使用的有毒有害化学品的种类及其危害性。例如:未识别使用农药、含臭氧层破坏物质(ODS)如哈龙1211型灭火器、氟利昂、含多氯联苯变压器的过程中产生的环境污染。
环境因素的识别、评价是一全面而复杂的工作，仅靠一个部门的几个人员来做往往会造成遗漏。因此这项工作应由各部门抽调有经验并熟悉企业生产情况的技术人员应用多种方式来收集、识别并评价企业生产活动、管理活动、服务过程、产品使用等方面的环境因素和重要环境因素。
