运行控制:
运行控制是企业建立和维持环境管理体系的关键要素，运行控制的目的是为了实现企业的环境方针和目标，控制的对象是重大环境因素相关的运行和活动，采用的手段是程序化的管理。
ISO14001标准4.4.6中规定:“组织应根据其方针、目标和指标，确定与所识别的重要环境因素有关的运行与活动……对于缺乏程序指导可能会偏离环境方针和目标指标的运行，应建立并保持文件化的程序，在程序中对运行标准予以规定。”这就要求企业对重要环境因素的运行与活动制定合理的、有操作性、可被验证的运行控制程序。
而且有些重要环境因素仅仅制定目标指标仍然可能产生异常和偏离，因此需要通过制定相关的运行控制程序来指导工作人员操作。例如:某企业将污水处理站的处理能力不足作为一项重要环境因素，并制订了改建污水处理站提高污水日处理能力的目标，却未制定污水处理站日常操作的控制程序和紧急情况出现后的应急程序，因此在目标完成之前，经常出现污水超标排放的现象。
同时环境因素分布在企业的产品、活动或服务过程之中，企业在制定运行控制程序时应充分考虑重要环境因素存在各种情况，例如:产品设计开发，新工艺新材料的选择，产品的生产过程，采购活动，订立承包合同，新的基本建设项目立项活动，建设施工活动，运输活动，后勤设施管理、物资管理，产品的售后服务及相关方的影响等。
常见的不符合主要发生在:
-对某些重要环境因素的控制程序缺乏具体的规定，可操作性不强。
-对部分重要环境因素的活动，未制定相应的控制程序或作业指导书。
-实际的操作违背了运行控制程序的规定等
