清洁生产和ISO14000环境管理体系标准具有密切的联系和互补性。完全清洁生产审核的企业无疑会为企业的环境管理体系的认证打下良好的基础，使企业更容易通过ISO14001认证。通过清洁生产的教育、培训，企业的最高领导和全体员工的环境意识、清洁生产意识得到提高，为建立环境管理体系奠定了思想基础；经过清洁生产的审核，建立的领导小组、清洁生产办公室，皆可转为环境管理体系确立的组织机构，继续从事环境管理体系的认证。同时，在预审核和审核中，通过调查、物料平衡、水平衡计算得到的污染源和污染物的数据，可为环境管理体系的建立提供物质基础，显著减少在进行初始环境评审时工作量。在实施了若干个清洁生产方案后，企业的污染物产生量大幅消减，可减少大量的废物处理的基本建设投资。有效的清洁生产审核可以帮助组织选择最佳环境政策和废物治理的技术路线。而环境管理体系的建立可以帮助组织有效地实施清洁生产方案并使其不断得到监督和改进。
如果一个企业、组织希望既实施清洁生产也建立环境管理体系，最好先进性清洁生产审核，这样可以提高员工的环境意思，收集组织活动、产品或服务过程的基础数据，识别并评价组织的重要环境因素，通过物料平衡分析物料和废物产生的原因，从而提出清洁生产方案，为进行初始环境评审和制定组织环境政策打好基础，然后逐步建立环境管理体系和实施清洁生产方案，并在环境管理体系的持续运行和清洁生产审核的不断进行中，以清洁生产战略为指导持续改进组织的环境绩效。这样可以最大限度地使二者互为补充和支持，同时避免重复工作。以清洁生产战略作为建立环境管理体系的指导思想，以清洁生产审核作为二者在操作上的结合部，在各级环境管理体系文件中体现清洁生产思想，并在体系运行时贯彻清洁生产思想。
通过将清洁生产战略纳入环境管理体系的建立与运行，可以发挥二者的各自优势，共同扬长避短，以标准化、系统化的环境管理来实施清洁生产并使它持续下去，进而使组织的环境绩效持续改进，从而为可持续发展服务。
