企业引进环境管理体系，有助于防止环境污染和破坏，降低原材料及能源的消耗，走集约化经营和可持续发展的道路；有助于促进国际贸易，消除绿色壁垒，实施自由贸易；有助于改善企业环境形象，塑造绿色企业文化，增强产品的市场竞争力；有助于创建融资及保险条件，增强投资家的投资欲望等等。
但是，目前我国企业建立环境管理体系，实施ISO14000系列标准还存在着许多问题和困难，需要大力克服和积极争取。
1、企业环保意识较差，对绿色管理的重要性认识不足。企业缺乏绿色意识，没有把环境保护与经济建设放在同等重要的位置。企业将满足环保法规作为环保的唯一目标，认为只有三废排放不达标才是环境问题。上级要去怎么做就怎么做，企业完全是为了完成任务，没有从环境管理与污染处理中寻找效益。大部分企业仍把环境保护视为单纯的污染防治及额外的成本负担，通常认为只要防止无谓浪费与降低污染物产量，达到污染物排放标准及环境品质标准，即满足了环保的要求，而没有以“环境保护”为目的。企业没有预防重于补救的经营理念，仍处于政府强制和法规导向型的环保意念中，认为环境保护与企业经济发展此消彼长。企业还没有转到企业本身自行实施和经济诱因导向方向上来，没有形成环境保护与企业发展相辅相成的经营理念，绿色管理处于被动之中。当前我国面临的资源和环境问题日益突出，企业作为社会经济活动的基本单位，必须在节约资源和保护环境方面承担社会责任。也就是说，企业应改变现行的不可持续地生产经营方式，通过实施绿色管理，使自己的经济行为同自然环境、社会环境的发展协调起来。
2、绿色管理体制不健全。我国目前实行的是污染口控制，即末端管理，而不是全过程控制。我国虽已建立以“预防为主”的一系列管理制度，实际上对企业污染物的排放仍然只能做到“末端控制”，或是说是“末端控制下的预防”。譬如环境影响评价制度，在实际运用时，只是对建设项目建成后排放污染物和污染处理设施进行进行评价，并未将污染物生产源头的控制作为重要内容；“三同时”的重点也只放在污染物处理设施的建设和运作上，仅仅满足于“达标排放”而已；至于其他的制度均以“排放控制”作为基本内容和要求。这些制度的缺陷是，他们都属于在危害发生后再实施的环境措施，而非全过程积极的污染预防，污染防治与企业生产脱节。企业选择高成本而低效率的末端治理，消极适应环境法规的有关要求，而生产全过程控制及产品生命周期生态化管理，在企业发展战略选择中基本上是空白。
3、经济实力不足，技术水平有待进一步提高。企业对ISO14000系列标准及相关技术还缺乏了解，缺少清洁生产工艺的开发和研究，对生命周期评价的研究才刚刚开始，目前尚处于在学习和探索之中，缺乏实际运作示范。由于资金不足，企业只能着眼于解决亏损问题而顾不上环保问题，环保投入被当作是一种额外投资，环保资金常常不能到位。环境管理体系的有效运作不仅仅依靠文件系统，它还要求有坚实的物质技术基础，否则将使环境管理体系只是停留在文件化的形式上，不能产生真正的效用。这样就要求企业在建立环境管理体系时必须具备进行绿色管理的技术设备基础，如果企业没有物质技术基础，就必须投巨资添置所需设备，培训技术人员。另外，取得环境管理体系认证也将耗费大量资金。同取得质量体系认证所需费用相比，取得环境管理体系认证的费用约是前者的三四倍。所以，财力及物质技术条件是制约企业能否建立环境管理体系的重要条件。
