组织在管理体系整合的过程中通常面临来自组织内部和外部的压力，应当注意以下问题：
(1)整合工作必须得到最高管理层的强力支持。由于管理体系一体化涉及到组织机构、部门职能、业务流程等方面的调整，实际上是组织业务流程的再造过程，所以组织在整合过程中必然会遇到相当大的阻力。因此，让最高管理层充分理解管理体系一体化的必要性和重要性，并积极推进该项工作，十分关键。
(2)组织必须充分考虑员工的态度。员工的行为和态度是一体化管理体系成功实施与否的决定性因素。例如，由于实施新的体系带来的变化，可能会使有些员工失去原先的权利从而导致不合作或抵制，影响工作效率。
(3)组织必须注意整合的时机和程度，条件不具备就不能盲目整合，条件具备也不可过度整合。整合决不是3个管理体系标准文件和管理的简单叠加，而是组织对管理流程的再造，是实现“1+1>2”的功能重组。一体化管理体系文件的数量主要决定于组织的规模和类型、过程的复杂性以及各个管理体系标准要素的专有性。因此，整合必须在保证文件可操作性的前提下进行，组织不能单纯地为了压缩文件数量而进行过度的文件归并，这会降低文件的可操作性，降低工作效率。
