虽然现阶段大多数的企业已经认识到了内部控制在企业内部经营管理中的重要作用，但是在内部控制管理的具体实施过程中仍然存在着不少的问题，主要表现为：
在企业的内部控制环境方面，主要是企业的组织架构不够合理，董事会、监事会以及经理层职责权限划分不够明确，涉及到企业内部的一些重大事项和重大决策等决策程序、决策制度不够合理，企业内部的治理结构模式需要优化。同时，在企业的内部文化中，内部控制理念还没有在企业内部形成较好的认同，内部控制在企业内部系统的推进实施难以得到各方面的有力支持。
在企业的信息沟通和风险评估方面，主要是企业在内部管理过程中信息化、智能化的管理手段运用不足，对于企业经营发展过程中相关的财务会计数据运用不够充分，尤其是关系到企业经营发展活动的关键信息归集整理分析不够。也没有针对这些信息建立完善的风险识别评估与风险管理框架，造成了企业在经营发展过程中容易出现各种风险问题。
在企业的内部控制活动方面，主要是企业内部控制管理制度不够健全完善，重要的内部控制管理制度在企业经营活动开展过程中没有得到有力的贯彻落实，企业内部资金控制管理不够严格，财务活动中授权审批不够规范，财产日常管理和财产清查执行不到位，预算控制管理对经济活动的规划约束不足，造成了在企业内部控制活动中出现了不少的薄弱环节。
在企业的内部控制监督方面，主要是内部控制监督管理体系不够完善，尤其是企业的内部审计管理作用发挥不够，内部审计的独立性、客观性和权威性不足，内部审计一定程度上流于形式，难以及时有效地发现在企业内部控制管理中存在的问题，影响了内部控制有效性目标的顺利实现。
