3制定标准的理论基础存在差异
GB/T 45001-2020以危险源识别、风险评价为基础，强调本质安全和技术手段的控制;而GB/T 39001-2019是以国际上道路交通安全管理方面推崇的安全系统方法为理论基础。安全系统方法强调:
(1)以消除道路交通死亡和重伤作为长期目标;
(2)旨在发展一套能够更好地弥补人的失误的道路交通系统，主要通过更好地管理碰撞能量使道路使用者避免暴露于可能导致死亡或重伤的碰撞力之下来实现;
(3）使用更加合理的碰撞力管理方法,包括限速设置与路网改进相结合,根据道路基础设施的防护水平设置限速;
(4)根据伤害问题的经济分析，确定可能产生巨大社会利益的项目和地点进行投资;
(5)进行全面管理和沟通，与所有与交通安全有关的政府部门和其他组织相协调;
(6)把安全管理和其他管理相结合,创建良好的商务环境，从而产生对安全的道路交通产品和服务的需求，使安全道路交通产品和服务提供商受益;
(7)在道路交通系统的参与方中,倡导道路交通安全责任共担，从而在最终安全目标和如何实现目标方面，形成市民、公众、私营组织和非营利组织共同的远景。
