1.以获证为目的导入，管理体系难执行
在导入新的管理体系要求时，企业习惯新编一套管理文件替代现有不成形的管理体系文件，用一套管理体系去否定另一管理体系，追求从零开始，全新打造，造成管理体系文件混乱。导入新的管理体系时，没有从深层次思考管理的初心，以获证为目的建立管理体系，为“两层皮”的出现从源头上埋下了隐患。
2.多体系分别构建，管理效率低
各体系分别建立管理手册、程序文件、管理办法、作业指导及记录表单，文件多而繁杂，没有形成有机融合，同时过程分层也不清晰，不可避免地存在内容重复、冲突、管理真空、职责接口不清等问题。各管理体系独立管理，在战略目标管理、绩效管理、内部过程审核、管理评审、改进机制等方面分别组织，各信息存在多头管理，增加基层单位工作量，缺乏改进动力，管理效率低下。
3.职能式管理模式，业务过程不顺畅
按照传统职能式模式进行职责分配和业务管理，存在本位主义思想，眼光聚焦在本部门，没有很好地聚焦过程要求、统筹业务过程，职责界定也难以做到清晰合理、受控。没有从过程的视角，站在顶端审视过程的合理性、完整性、连续性。同时，部门之间的“墙”较为明显，阻碍了部门沟通和流程的效率，基于职能管理所建立的管理过程被“拉长”或者“变形”。
