一是HACCP计划没有分品种建立，导致HACCP计划过于笼统，缺乏针对性。
二是流程图与实际不符，比如有些企业现场存在用两种手段/工艺加工同一种产品，而在流程图中只列明一种，有的在原料接收后有暂存环节，但在流程图中没有体现等。
三是产品描述没有体现安全特性方面内容，对于产品特性多描述为“富含维生素、营养丰富”等，而没有描述蛋白质含量、水分、盐分、pH值等内容。
四是危害分析不充分，应该分析出的危害没有分析出来或危害的描述过于笼统。比如，在原料验收环节，有的描述化学危害为农药残留，而没有列明具体是哪些农药残留等。
五是关键控制点的确定不正确，表现为有的生产加工环节应该为关键控制点却没有识别，或关键控制点识别得太多，重点不突出。
六是关键限值确定不合理，主要表现为将关键限值和操作限值混为一谈，比如对金属危害控制的金属探测工序这一关键控制点的关键限值，将金属探测器的使用说明书作为关键限值的确定依据；将关键控制点———杀菌环节的关键限值确定为100~110℃，10~15分钟；对关键限值偏离熟视无睹，监控人员认为稍微偏离一点没有问题等。
七是监控程序不合理，具体表现为监控方法不正确、监控频率不合理、监控对象错误等，比如，对于采用蒸汽加热而没有自动控温手段的加热设备来讲，采用按一定的时间间隔监控的频率是不合适的。
八是纠正措施规定不到位，具体表现在对关键限值可能的偏离识别不到位和制定的纠正措施不符合要求，缺乏必要的控制内容。
九是没有对体系进行确认，或不能获得有效的确认证据。
十是验证程序不能根据实际体现记录复核、设备校准、产品检验等内容。实际操作中，还存在不按照验证程序的规定时间或频率对记录进行复核、设备校准、产品检验等情况。
