对于四标整合管理体系运行有效性的评价，可以从下述三个方面实施。
(1)过程目标绩效―建立四标整合管理体系的主要目的是实现各管理体系所提出的方针和目标，如果公司建立的各层级过程目标均能够得以实现，绩效情况良好，特别是企业核心级的目标如果能得以实现甚至提高，可以证实四标整合管理体系的运行是有效的。
(2)体系运行效率实施四标整合管理体系后，如果公司能够在实施内部审核和管理评审方面减少繁冗的工作量，节省审核和评审时间，提高内部审核和评审的效率，从而提高体系运作效率，可以证实四标整合管理体系运行有效。
(3)第三方认证机构评审第三方认证机构每年至少一次对公司的各管理体系进行单独审核或联合审核，如果审核结论为推荐认证，并经过各认证机构技术评审委员会评审通过，则可以证明公司整合后的管理体系运行是有效的。
