不少学者对当前政府研究都提出过“表象化”的批评，认为其只注重实际问题的解决，忽视产生问题的原因与制度创新之间的内在关系；只注重研究制度创新的一般特征，忽视其实施的国情和环境条件。结果导致：一是缺乏问题的深层次思考，不利于原创性理论和知识的积累；二是忽视中国的政治、经济、社会特征，囫囵吞枣式地理解外来理论，不利于相关理论与实践的本土化研究；三是较少结合政府管理特征和业务需求，不利于理论从企业到政府的科学延伸。作为一种外来的、也是从企业延伸过来的制度创新，ISO9000质量管理一开始就面临“表象化”困境的调整。其中不少研究因对知识基础和具体应用环境的双重关照，而在追求“科学化”的过程中备受“非科学化”的质疑。
通常认为，政府质量管理所面临的困境，源自于技术与政治的关系冲突。作为一种经济理性为基础的管理模式，它试图以高效、可测量、可预测和可控制实现对组织内外部环境的有效控制。但政府是一个复杂的结构和功能系统，饱含着丰富多样的人际互动和环境因素，有更高的价值追求。因此，常陷入目标与手段、技术理性与公共理性、内部管理与外部有效性之间的矛盾和冲突之中。
政府全面质量管理的核心在质量，正如史蒂文·科恩所言，即“将质量纳入生产过程之中以达到令人满意的结果”。尽管相关研究认为，“质量”隐含着顾客满意以及对他们的尊重和认同，但最本质的含义还是为了“增加生产力”，“减少生产、买卖及提供产品及服务的浪费”。科学管理、质量可控原本是持续改进管理的重要手段，然后在对技术、生产率和工具理性的执着追求中，它们俨然成为此种管理模式的基本目标。作为政府管理的终极目的，民主、平等、自由以及人的全面发展等政治价值退居其次。罗伯特·登哈特曾指出，“如果理性模式让我们的注意力都集中到达到既定目的的手段上的话，那么这就意味着使我们忽略目的本身。如果我们单单把注意力都集中到效率上，我们就无法充分检查并有效参与到那些对我们来说非常重要的决策中去”。由此，原先的手段变成了目标，或者我们仅在考虑如何以最小的成本去完成已被扭曲了的目标，而很难实现政府管理更为重要的社会政治价值。
目标与手段的错位不仅体现在价值层面，而且也反映在操作层面。最典型的是“为认证而认证”、为“质量管理”而“质量管理”。其中，不少地方政府将“质量管理”简单地理解为“目标管理”，“质量控制”错误地理解为“质量认证”，认为只要严格遵循ISO9000质量体系的规定程序，完成了相关目标，就实现了全面质量管理。所以，他们常有意识地去熟悉质量检测标准，了解哪些是质量检测中重点关注的行为，以便在质量管理中有选择地采取行动，而无暇顾及其他目标；还有部分机构为避免在质量检测失分或得低分，自降工作标准，以求通过最后的评审认证。
