为了解决目标考核流于形式的问题，有必要指定专门的体系管理部门负责该项工作，并通过建立四标整合管理体系，形成自上到下的目标考核体系。而且，通过考核和评价四标整合管理体系的目标实现情况，可以评价公司运行四标整合管理体系的效果，如果通过运行四标整合管理体系，核心级目标能够得以实现，则足以证明四标整合管理体系运行是有效的。过程绩效目标实现情况如何，也反映出过程控制的有效性。
对公司内过程目标运行情况进行日常监控和考核，通常依据整合后的管理手册、程序文件、作业性文件，常常使用的程序有不合格控制程序、纠正和预防措施控制程序，常以目标指标的方式展现出来。在建立四标整合管理体系时，往往会对公司级的整体目标逐级分解，转换成为各部门及员工的考核目标，形成目标一致、层级清晰、环环相扣、协调统一的目标考核体系。
目标实现情况与体系运行的业绩密切相关，对目标实现情况的考核，也就是对体系业绩的考核。各职能、各层次相关的目标应该按公司规定的时间间隔或特定情况下不定期地进行考核，具体可由组织内的认证主管部门或其他综合管理部门负责，并将考核结果用于部门工作业绩评价。
基于过程方法建立起的一体化管理体系，针对每一个主要过程，都应该建立过程绩效目标，并采取恰当的控制措施，确保过程绩效目标的可实现性。2015版ISO9001标准将过程方法纳入4.4.3条款中，要求组织应将过程方法应用于质量管理体系，由以前版本的中的鼓励应用变成了必须应用，将过程方法贯穿于整体体系的过程中，不仅仅只要求获得过程的绩效，而且要求必须确定、实现过程绩效目标。
对过程目标进行绩效考核时，针对每项考核内容，均要按照工作流程梳理出关键节点及其输出，将其列为该项考核内容的考核指标，从而掌握重要工作的关键环节，进而识别出关键的绩效指标，对关键的工作推进过程实施有效监控，从源头上杜绝各项不符合的发生。现分别对公司级KPI目标、部门级KPI目标、岗位(或工序)级KPI目标的考核方法举例说明如下。
