1、审核员综合能力不够。由于审核员的文化水平、专业背景、岗位等差异，以及对管理体系知识的掌握、沟通技巧问题，在审核中会存在专业知识不足、审核面不广，检查点代表性不够，导致审核结果与实际状态存在偏差。
2、审核受到内部干扰。内部审核员来自于企业各部门，以部门专责、班组长为骨干，开展审核工作时有自身心理压力和外部干扰，审核上级领导时，存在难为情或畏惧心理，不能按相关管理文件进行审核，不敢坚持自己的看法和原则。
3、对审核结果不够重视。由于企业对审核没有有效的奖罚制度，导致审核不开不符合，审核发现结论避重就轻，有的企业在定期内审中一般不符合项越来越少且同质化、重复化严重，甚至有在一次包括体系全面要素和范围的内部审核中没有一般不符合，是管理何等运行中对内审结果缺乏重视和考核的结果。
