(1）抛开生产谈体系，出现“两张皮”现象。无论是双体系、三体系还是安全生产标准化工作，部分企业为了认证或达标，认证和达标前突击建程序写文件补记录，抛开生产谈体系，认证和达标结束后，相关工作抛在脑后，体系或安全生产标准化运行的实际效果和意义无法落地，出现体系与实际生产“两张皮”的现象。
(2)工作重复交叉，无端加大从业人员工作量。很多单位为了双体系或三体系认证，建立一套体系文件，为了安全生产标准化达标取证，建立一套安全生产标准化制度和规程，殊不知较多方面的工作存在交叉重复，从业人员在执行程序制度过程中，指导文件重复、过多，概念冗杂，理解参差不齐，出现作业难度大，无法明确掌握信息。同时，职能管理部门对于管理文件的控制难度也会相应增大。
(3）整改难度高，浪费人力、物力与财力。企业在实施各类体系过程中，均有自查自检和外部评审的要求，各体系建立和运行过程中，发现问题的整改过程中均需要人力、资金等资源保障，分立存在的各体系极易分散资源造成浪费，工作人员多在疲于应付。
企业的管理应是系统的，安全、职业健康、环境均是管理的一环，彼此相辅相成，多元化管理体系合理的融合是实现企业系统化的必备前提。因此，各类体系分立、独立的运行并不利于优化管理资源，进一步将多种体系融合是当务之急，避免彼此间的矛盾。
