ISO9000国际质量标准在应用于高校图书馆的过程中，遇到不少的障碍。
（1）管理观念上的障碍
ISO9000国际质量标准应用于高校图书馆，极富挑战性。不能用僵化的规章制度来管理活生生的人，这一观点是正确的。但是，ISO9000族标准并不是一种僵化的管理制度，而是一种全面进入、全员参与、全程控制的，具有群众性、制度化的高透明度的民主管理体系。恰好相反，ISO9000族标准非常强调对规章制度的持续改进。规章制度并不影响创新。我们的许多规章制度，正是创新的结果。一些规定在制订的时候被认为是合理、科学的，但经过一段时间的执行，发现了一些不合理因素的存在；一些规定，在当时制订时是有效的，但由于环境的变化，现在已经不合时宜了。以上种种因素决定了规章制度必须是不断变化的，持续改进、不断提高、螺旋式上升的，这也是“ISO标准”的要求。
（2）使用上的障碍
ISO9000国际质量管理标准是一个体系。它的内容对图书馆的馆员来说，比较陌生。ISO9000族标准可帮助组织实施并有效运行质量管理体系，是质量管理通用的要求或指南。它不受具体的行业或经济部门的限制，可广泛适用于各种类型和规模的组织。2000年版的ISO9000对标准的应用做了更严格、也更灵活的规定，即在某些情况下某些要求允许删减；还将对顾客满意或不满意信息的监控作为评价质量管理体系业绩的一种手段；采用了“过程方法”的模式结构，即以影响产品或服务质量的“过程”构筑质量体系，通过运作质量体系来实现组织的质量方针和质量目标，并且通过建立文件化的质量体系，实现具有动态的高增值活动；ISO9000更强调最高管理者的作用；突出“持续改进”的思想，使质量管理八项原则在标准中得到充分体现；明确要求质量管理体系以顾客为关注焦点，并考虑相关方的利益和需求；并将ISO9001(质量管理体系—要求)和ISO9004(质量管理体系—指南)设计成结构相同、协调一致的标准，有利于组织的业绩持续改进。
（3）经费投入上的障碍
ISO9000国际质量标准体系的一个显著特征就是要取得认证，要认证是要花钱的。建立图书馆质量管理体系所需的成本包括：管理的行政成本，建立体系初期可能需要聘请咨询公司的咨询费用，ISO9000认证需支付的认证费用，监督审核的费用等。这给本来经费就紧张的高校图书馆带来经济困难。
